Alfaro inició su lucha contra los conservadores católicos desde los años 60 del siglo XIX, pero la fuerzas revolucionarias lo nombraron Jefe Supremo de las provincias de Manabí y Esmeraldas, durante su rebelión en febrero de 1883, lo cual duró hasta el 11 de octubre del mismo año, cuando fue organizado un gobierno provisional que restauró el conservadurismo en el poder. Alfaro se había convertido en uno de los grandes opositores del presidente Gabriel García Moreno y de su línea conservadora que siguio en el poder incluso después de su muerte.
El 5 de junio de 1895, Eloy Alfaro derroca en Guayaquil al presidente interino Vicente Lucio Salazar y se nombra Jefe Supremo, con lo cual da inicio a la Revolución liberal. El 17 de enero de 1897 es nombrado Presidente Constitucional hasta el 1 de septiembre de 1901, con lo cual entre sus principales logros estuvo la separación entre iglesia y Estado. Después de su primer gobierno, apoyó a su sucesor, Leónidas Plaza Gutiérrez, sin embargo,poco tiempo después, surgieron diferencias entre ambos. Se opuso contra el gobierno de Lizardo García el 1 de enero de 1906 y a pocos días, el 17 de enero, se proclama Jefe Supremo y gobernó hasta el 12 de agosto de 1911. En el segundo período de gobierno de Alfaro se realizaron varios cambios, entre los cuales consta la legalización del divorcio, la construcción de numerosas escuelas públicas, se instauró la libertad de expresión, se instituyó el laicismoderecho a la educación gratuita, así como el matrimonio civil. Sin embargo, se considera como el mayor logro de este período el haber finalizado la construcción del Ferrocarril Transandino que unió las ciudades de Guayaquil y Quito
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